Marmaray Projesi kapsamında Haydarpaşa-Gebze arasındaki birçok istasyon tarihe karışıyor. Marmaray CR1 inşaatını üstlenen Avrasya Ortak Girişimi, Haydarpaşa-Gebze ve İstanbul-Ankara arasındaki 29 istasyonun yıkılacağını, 6 istasyonun ise kullanım dışı kalacağını vurguladı. Daha önceden Marmaray projesi kapsamında Haydarpaşa-Gebze arasındaki istasyonların kapatılacağı açıklanmış, ancak yerel seçimler nedeniyle kapatılması ileri bir tarihe alınmıştı. Marmaray projesi kapsamında tarihi Haydarpaşa Garı da by-pas edilerek, devre dışı bırakılıyor. Haydarpaşa-Gebze arasında iki hatlı demiryolu, Marmaray CR1 inşaatı ile üç hat olarak inşa edilecek. Mevcut iki hat kesimindeki birçok tarihi eser kapsamındaki istasyon binası, lojman, köprü, alt geçit, tünel ve tesis yıkılacak veya istasyonların yerleri değiştirilerek kullanılmaz duruma getirilecek. Kadıköy ilçe sınırları içerinde bulunan birçok istasyon da bu durumdan nasibini alıyor. Kadıköy'deki tren istasyonlarında yapılacak düzenlemeler de şöyle:
* Söğütlüçeşme: Mevcut TCDD tesisleri tamamen korunuyor. * Kızıltoprak: İstasyon ve peronlar yıkılıyor. Fakat mevcut binalar korunuyor. * Feneryolu: Yeni bir istasyon yapılıyor. Fakat mevcut istasyon binası korunuyor. * Göztepe: Yeni bir istasyon yapılıyor. Ancak mevcut istasyon binası ve lojman korunuyor. * Erenköy: Yeni bir istasyon yapılıyor. Fakat mevcut istasyon binası ve lojman korunuyor. * Suadiye: Mevcut istasyon binası ve platform yıkılıyor. Yeni bir istasyon yapılıyor. * Bostancı: Yeni bir istasyon yapılıyor. Ancak mevcut istasyon binası ve lojman korunuyor.
